育児休業中の年末調整完全ガイド｜必要書類と手続きを徹底解説

育児休業中に迎える年末、「年末調整ってどうすればいいの？」と不安になっていませんか？

産休や育休に入ると、会社との連絡も減って、年末調整の案内が来るのか、自分は対象なのか、わからなくなりますよね。特に初めての育休だと、何をどうすればいいのか全く見当がつかないという方も多いはずです。

この記事では、育児休業中の年末調整について、基本的な仕組みから具体的な手続き方法、必要書類まで、初心者の方にもわかりやすく徹底解説します。税金の話は難しく感じるかもしれませんが、一つひとつ丁寧に説明していきますので、安心してくださいね。

年末調整を正しく行うことで、払いすぎた税金が戻ってくる可能性もあります。損をしないために、ぜひ最後まで読んでみてください。

育児休業中でも年末調整は必要？基本を理解しよう

まず最初に、年末調整の基本と、育児休業中の扱いについて理解していきましょう。

年末調整とは何か

年末調整とは、会社が従業員に代わって行う税金の精算手続きのことです。

会社員の方は、毎月の給与から所得税が天引き（源泉徴収）されていますよね。でも、この毎月天引きされている税額は、あくまでも「概算」なんです。生命保険に加入したり、家族構成が変わったりすると、本来支払うべき税額は変わってきます。

そこで、1年の終わりに正確な税額を計算し直して、払いすぎていれば還付し、不足していれば追加で徴収する。これが年末調整の目的です。

通常、会社員の方は確定申告をする必要がありません。それは、この年末調整で税金の精算が完了するからなんですね。

育児休業中の給与と年末調整の関係

ここで重要なポイントがあります。

年末調整は「給与所得」がある人が対象です。

育児休業中の状況を整理してみましょう：

• 会社からの給与：育休中は基本的に給与の支払いはありません（会社によっては一部支給される場合もあります）
• 育児休業給付金：雇用保険から支給されるお金で、給与ではありません
• 源泉徴収：育休前に受け取った給与からは、所得税が天引きされています

つまり、年の途中で育休に入った場合、育休前に受け取った給与分については年末調整の対象になるということです。

例えば、4月に出産して産休・育休に入り、12月時点でまだ育休中という場合、1月から育休開始前までの給与について年末調整を行う必要があります。

育児休業給付金は年末調整の対象？

これもよくある質問ですが、育児休業給付金は非課税です。

育児休業給付金は所得税の対象にならないため、年末調整にも確定申告にも含める必要はありません。源泉徴収票にも記載されません。

これは、育児をする方の経済的負担を軽減するための配慮として、税制上非課税とされているためです。出産育児一時金や児童手当なども同様に非課税です。

ただし注意したいのは、「育児休業給付金は収入に含まれないから、配偶者の扶養に入れる」と考える方がいらっしゃいますが、これについては後ほど詳しく説明しますね。

年末調整が必要なケース・不要なケース

さて、「自分は年末調整が必要なの？」という疑問に答えていきましょう。

年末調整が必要な人の条件

育児休業中でも、以下の条件に当てはまる方は年末調整が必要です：

【年末調整が必要な人】

1. 12月31日時点で会社に在籍している方
   育休中でも、会社との雇用関係が続いていれば対象です。退職していない限り、年末調整の対象になります。
2. その年に給与の支払いがあった方
   育休に入る前に給与を受け取っていれば、その分について年末調整を行います。たとえ1ヶ月分だけでも給与があれば対象です。
3. 「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を会社に提出している方
   これは基本的に入社時に提出しているはずの書類です。この書類を提出していることで、年末調整の対象となります。

多くの育休中の方は、上記の条件に当てはまるため、年末調整が必要ということになります。

年末調整が不要になるケース

一方で、以下のケースでは年末調整が不要、または年末調整ではなく確定申告が必要になります：

【年末調整が不要なケース】

1. その年に給与の支払いが全くなかった場合
   前年から継続して育休中で、該当年に給与が1円も支払われていない場合は、年末調整の対象外です。この場合、源泉徴収票も「年末調整未済」となります。
2. 年の途中で退職した場合
   育休後に復職せず退職した場合、退職した年の年末調整は会社では行えません。自分で確定申告をする必要があります。
3. 年収が2,000万円を超える場合
   高額所得者は年末調整の対象外で、確定申告が必要です。ただし、育休中の方でこのケースに該当する方は少ないでしょう。
4. 2か所以上から給与を受け取っている場合
   副業などで複数の会社から給与をもらっている場合、メインの会社で年末調整はできますが、全ての所得を合算して確定申告をする必要があります。

【チェックリスト】あなたは年末調整が必要？

自分が年末調整の対象かどうか、以下のチェックリストで確認してみましょう：

多くの育休中の方は、会社に在籍していて、育休前に給与があったという状況だと思いますので、年末調整の対象になります。

もし判断に迷う場合は、会社の人事部や総務部に確認するのが確実ですよ。「育休中ですが、年末調整の対象でしょうか？」と聞けば、親切に教えてくれるはずです。

育児休業中の年末調整で受けられる控除

年末調整では、様々な「控除」を申告することで、税金を安くすることができます。育休中だからこそ、しっかり控除を活用したいですよね。

基礎控除・配偶者控除

基礎控除は、すべての納税者が受けられる控除です。2020年分から、所得に応じて控除額が変わるようになりました。

• 合計所得金額が2,400万円以下：48万円
• 合計所得金額が2,400万円超2,450万円以下：32万円
• 合計所得金額が2,450万円超2,500万円以下：16万円
• 合計所得金額が2,500万円超：基礎控除なし

育休中で給与が少ない年は、ほとんどの方が48万円の基礎控除を受けられます。

配偶者控除・配偶者特別控除については、あなたの配偶者の所得によって決まります。

もし配偶者が専業主婦（夫）や、パート収入が少ない場合、あなたは配偶者控除または配偶者特別控除を受けられる可能性があります。ただし、育休中で所得が減っているあなた自身が、逆に配偶者の扶養に入れるかどうかは、また別の話です（これについては後ほど詳しく説明します）。

生命保険料控除・地震保険料控除

生命保険や地震保険に加入している方は、支払った保険料に応じて控除を受けられます。

生命保険料控除には以下の3種類があります：

1. 一般生命保険料控除：死亡保険や養老保険など
2. 介護医療保険料控除：医療保険やがん保険など
3. 個人年金保険料控除：個人年金保険

それぞれ最大4万円、合計で最大12万円の所得控除を受けられます。

10月から11月頃に、保険会社から「保険料控除証明書」が郵送されてきます。この証明書は年末調整の際に必要なので、大切に保管しておきましょう。育休中で家にいることが多いと、こうした郵便物の管理もしやすいですね。

地震保険料控除は、地震保険に加入している場合に受けられる控除で、最大5万円です。火災保険に地震保険を付帯している方も多いので、証明書が届いていないか確認してみてください。

住宅ローン控除（2年目以降）

住宅ローンを組んでマイホームを購入・建築した方は、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を受けられます。

住宅ローン控除は、ローン残高の0.7%（2022年以降の制度）を所得税から控除できる、非常に大きな減税制度です。最大13年間（新築住宅の場合）適用されます。

初年度は確定申告が必要ですが、2年目以降は年末調整で手続きができます。

税務署から送られてくる「住宅借入金等特別控除申告書」と、金融機関から送られてくる「住宅ローンの年末残高証明書」を会社に提出すれば、年末調整で控除を受けられます。

育休中で収入が減っている年は、所得税そのものが少ないため、住宅ローン控除を使い切れない可能性もあります。その場合、控除しきれなかった分は住民税から一部控除されますが、翌年に繰り越すことはできません。この点は注意が必要ですね。

iDeCo（個人型確定拠出年金）の控除

iDeCo（イデコ）に加入している方は、掛金の全額が所得控除の対象になります。これは「小規模企業共済等掛金控除」という名称の控除です。

iDeCoの控除証明書は、10月下旬から11月上旬頃に国民年金基金連合会から送られてきます。

ただし、育休中の注意点があります。育休中は給与がないため、所得税も発生しません。つまり、育休中にiDeCoの掛金を払っていても、その年の所得税から控除できる金額がないため、節税効果を十分に得られない可能性があります。

このため、育休中はiDeCoの掛金を減額したり、一時停止したりすることを検討する方も多いです。iDeCoは加入者自身で掛金の変更ができますので、状況に応じて調整するのも一つの方法です。

【比較表】控除の種類と適用条件

なお、医療費控除については年末調整では申告できません。医療費が年間10万円を超える場合（または所得の5%を超える場合）は、確定申告をすることで還付を受けられます。出産費用や妊婦健診費用、通院の交通費なども医療費に含められるので、領収書は大切に保管しておきましょう。

育児休業中の年末調整に必要な書類

それでは、具体的にどんな書類を用意すればいいのか見ていきましょう。

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

正式名称は「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」という長い名前の書類です。

この書類は、あなたの基本情報や扶養家族の情報を申告するためのものです。主に以下の内容を記入します：

• あなたの氏名、住所、マイナンバー
• 扶養親族の情報（16歳以上の子どもや親など）
• 障害者控除や寡婦控除などの情報
• 単身児童扶養者の情報

注意点：お子さんが生まれた場合、16歳未満の扶養親族として「住民税に関する事項」の欄に記入します。16歳未満は所得税の扶養控除の対象にはなりませんが、住民税の非課税限度額の計算などに影響するため、必ず記入しましょう。

また、育休中に引っ越しをした場合は、住所の変更も忘れずに記入してください。

給与所得者の基礎控除申告書

2020年から新設された書類で、「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」という、とても長い名前の書類です。3つの申告書が1枚にまとまっています。

基礎控除申告書の部分には、あなたの今年の所得の見積額を記入します。

育休中の方の場合：

• 育休前に受け取った給与の合計額（源泉徴収票で確認）
• 賞与があればその額も含める
• 育児休業給付金は含めない（非課税のため）

これらを合計して、給与所得の金額を計算します。給与所得の計算には「給与所得控除」という自動的な控除があるため、実際の給与収入よりも少ない金額になります。

配偶者控除等申告書の部分は、配偶者がいて、配偶者控除または配偶者特別控除を受ける場合に記入します。

所得金額調整控除申告書の部分は、特定の条件（給与収入850万円超で、23歳未満の扶養親族がいるなど）に該当する場合に記入します。育休中で給与が減っている場合、多くの方は該当しないでしょう。

給与所得者の保険料控除申告書

生命保険料控除、地震保険料控除、社会保険料控除、小規模企業共済等掛金控除を申告するための書類です。

この書類には、各種保険料控除証明書の内容を転記します：

1. 生命保険料控除の欄には、保険会社から送られてきた証明書をもとに、一般生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料それぞれの金額を記入します。
2. 地震保険料控除の欄には、地震保険の証明書の金額を記入します。
3. 社会保険料控除の欄には、給与から天引きされた社会保険料以外に、自分で支払った国民年金保険料や国民健康保険料があれば記入します。育休中の方で、社会保険料の免除を受けている場合、この欄への記入は通常ありません。
4. 小規模企業共済等掛金控除の欄には、iDeCoの掛金を記入します。

その他の控除証明書

上記の申告書とともに、以下の証明書を添付します：

• 生命保険料控除証明書（保険会社から郵送）
• 地震保険料控除証明書（保険会社から郵送）
• 小規模企業共済等掛金払込証明書（iDeCoの場合、国民年金基金連合会から郵送）
• 住宅借入金等特別控除申告書（2年目以降、税務署から郵送）
• 住宅ローンの年末残高証明書（金融機関から郵送）

これらの証明書は、年末調整の際に原本を提出する必要があります。提出前にコピーを取っておくと、後で確認したいときに便利ですよ。

【記入例付き】書類の書き方ガイド

それぞれの書類の記入方法を、具体例を交えて説明します。

【ケース例】
田中花子さん（30歳）
夫：田中太郎さん（32歳、会社員、年収600万円）
子ども：長男（1歳）
4月に産休・育休開始、12月現在も育休中
育休前の給与収入：150万円（1月〜3月分の給与＋賞与）

扶養控除等申告書の記入例：

• A欄「氏名」：田中花子
• B欄「個人番号」：マイナンバーを記入（会社によっては不要の場合あり）
• C欄「住所」：現住所を記入
• 「源泉控除対象配偶者」欄：配偶者の太郎さんの年収が600万円なので、花子さんは配偶者控除を受けられません。この欄は空欄。
• 「控除対象扶養親族」欄：長男は1歳なので16歳未満。所得税の扶養控除対象にはならないため空欄。
• 「住民税に関する事項」欄：長男の名前、マイナンバー、続柄（子）、生年月日を記入。

基礎控除申告書の記入例：

• 「給与所得」欄の「収入金額」：1,500,000円（育休前の給与収入）
• 「給与所得」欄の「所得金額」：給与所得控除後の金額を計算して記入。収入150万円の場合、所得金額は95万円になります。
• 「給与所得以外の所得の合計額」：ない場合は0円
• 「所得金額の合計」：950,000円
• 「判定」欄：所得が95万円なので「A」に○
• 「区分I」欄：A→区分Iは「A」
• 「基礎控除の額」：48万円

保険料控除申告書の記入例：

生命保険に加入している場合：

• 「一般の生命保険料」欄：保険会社名、保険の種類、保険期間、契約者名、保険金等の受取人、新旧区分、あなたが本年中に支払った保険料の金額を記入
• 「あなたが本年中に支払った保険料の金額」：証明書に記載された金額を転記
• 計算式に従って控除額を計算

記入に迷ったら、会社の人事部に相談したり、国税庁のウェブサイトで記入例を確認したりすると良いでしょう。国税庁のサイトには、記入例のPDFが掲載されていて、とても参考になりますよ。

年末調整の手続き方法と期限

書類の準備ができたら、次は提出です。

会社への提出方法（郵送・電子申請）

育休中の場合、以下の方法で書類を提出できます：

1. 郵送による提出

最も一般的な方法です。会社の人事部や総務部から郵送で書類が送られてくるので、記入後に返送します。

郵送する際の注意点：

• 提出書類に不備がないか、記入漏れがないか確認
• 控除証明書の添付を忘れずに
• 期限に余裕を持って投函（配達日数を考慮）
• 重要書類なので、できれば簡易書留やレターパックなど追跡可能な方法で送る
• コピーを取っておく

2. 電子申請（年調ソフトやクラウドシステム）

最近は、電子申請に対応している会社も増えています。

• 国税庁の「年調ソフト」を使った申告
• 会社が導入しているクラウド型の給与システムでの申告
• マイナポータル連携による自動入力

電子申請のメリットは：

• 自宅から簡単に手続きできる
• 控除証明書のデータを自動で取り込める（マイナポータル連携の場合）
• 計算ミスが減る
• 郵送の手間がない

会社によって対応しているシステムが異なるので、どの方法が使えるか確認してみましょう。

3. 会社に直接持参

育休中でも会社の近くに住んでいる場合や、たまたま用事があるときは、直接持参することもできます。担当者に直接渡せば、その場で不備がないか確認してもらえるメリットがあります。

提出期限はいつまで？

年末調整の書類提出期限は、通常12月初旬から中旬です。

会社によって具体的な締切日は異なりますが、多くの会社では12月上旬に設定されています。これは、会社が年末調整の計算を行い、12月の給与（または賞与）で過不足を精算するためです。

育休中の方は、11月頃に会社から年末調整の案内が届くことが多いです。書類が届いたら、なるべく早めに記入して提出しましょう。

もし期限に間に合わなかったら？

期限を過ぎてしまった場合でも、まずは会社に連絡してみてください。12月中であれば、まだ年末調整に間に合う可能性があります。

もし年末調整に間に合わなかった場合は、翌年の2月16日から3月15日までの確定申告期間中に、自分で確定申告をする必要があります。確定申告については、後ほど詳しく説明しますね。

会社から連絡がない場合の対処法

「12月になったのに、会社から年末調整の連絡が来ない…」

こういうとき、不安になりますよね。育休中は会社との連絡が減るため、年末調整の案内が届いていないことに気づかないこともあります。

会社から連絡がない理由として考えられるのは：

1. 郵便物が届いていない
   引っ越しをした場合、会社に住所変更を届け出ていないと、郵便物が旧住所に送られてしまいます。転送手続きをしていても、重要書類は転送されないこともあります。
2. メールで案内が来ている
   会社のメールアドレスを確認していない場合、案内を見落としている可能性があります。育休中でも、たまに会社のメールをチェックしておくと安心です。
3. 会社が「給与がないから年末調整不要」と判断している
   これは誤解です。育休前に給与があれば年末調整は必要なので、会社に確認しましょう。
4. 単純に遅れている
   会社の事務処理が遅れていることもあります。

対処法：

11月下旬になっても連絡がない場合は、自分から会社に問い合わせましょう。

「育休中の○○です。年末調整の書類についてお伺いしたいのですが、私は今年、年末調整の対象でしょうか？対象の場合、書類はいつ頃送っていただけますか？」

このように丁寧に聞けば、会社も対応してくれます。遠慮せずに連絡を取ることが大切です。

【体験談】育休中に年末調整をした人の声

実際に育休中に年末調整を経験した方々の声を紹介します。

Aさん（32歳、第一子育休中）の場合：

「初めての育休で、年末調整のことをすっかり忘れていました。12月になって『そういえば…』と思い出して、慌てて会社に連絡。すでに書類は11月に郵送されていたのですが、引っ越し直後で郵便物の整理が追いついておらず、書類を見つけるのに一苦労しました。なんとか期限内に提出できましたが、育休中でも会社からの郵便物はしっかりチェックしておくべきだと痛感しました。」

Bさん（29歳、第二子育休中）の場合：

「二人目の育休だったので、年末調整のことは覚えていました。ただ、上の子の保育園の送り迎えで忙しく、書類をゆっくり書く時間がなかなか取れませんでした。子どもが寝た後に少しずつ記入して、なんとか提出。会社の人事の方が『郵送で大丈夫ですよ』と言ってくれたので、助かりました。生命保険の控除証明書も、二人分あって管理が大変でしたが、ファイルにまとめて保管しておいたので、スムーズに提出できました。」

Cさん（35歳、育休後復帰予定）の場合：

「育休中の年末調整、最初は『給与もらってないし、関係ないかな』と思っていました。でも、育休前に半年分の給与があったので、対象だと会社から連絡がありました。住宅ローン控除があったので、年末調整でしっかり控除を受けられて良かったです。ただ、育休中は収入が少ないので、控除を使い切れない分もありました。それでも、戻ってくる税金があるのは嬉しかったです。」

みなさん、育休中という特殊な状況の中で、年末調整に取り組んでいることがわかりますね。

会社で年末調整できない場合は確定申告を

ここからは、年末調整ができなかった場合や、確定申告が必要になるケースについて説明します。

確定申告が必要になるケース

以下のような場合は、年末調整だけでは完結せず、確定申告が必要になります：

1. 年の途中で退職した場合

育休後に復職せず退職した場合、退職した会社では年末調整ができません。自分で確定申告をする必要があります。

ただし、退職後、その年のうちに再就職した場合は、新しい会社で前の会社の分も含めて年末調整してもらえることがあります。

2. 年末調整の期限に間に合わなかった場合

書類の提出が遅れて、会社の年末調整に間に合わなかった場合は、自分で確定申告をします。

3. 医療費控除を受ける場合

医療費が年間10万円を超える場合（または所得の5%を超える場合）、医療費控除を受けられますが、これは年末調整では申告できません。確定申告が必要です。

出産した年は、妊婦健診や出産費用、産後のケアなど、医療費がかさみますよね。出産育児一時金を差し引いた金額が10万円を超えていれば、医療費控除の対象になります。

4. ふるさと納税のワンストップ特例を使わなかった場合

ふるさと納税をしていて、ワンストップ特例の申請をしていない場合は、確定申告で寄附金控除を申告する必要があります。

5. 住宅ローン控除の初年度

住宅ローン控除は、初年度のみ確定申告が必須です。2年目以降は年末調整で対応できます。

6. 副業の収入がある場合

副業で年間20万円を超える所得がある場合、確定申告が必要です。在宅ワークや内職などをしている場合は注意しましょう。

7. 2か所以上から給与を受けている場合

パートを掛け持ちしていたり、転職して複数の会社から給与を受け取っている場合は、確定申告が必要です。

確定申告の方法と期限

確定申告は、毎年2月16日から3月15日までの期間に行います。

確定申告の方法には、以下の3つがあります：

1. e-Tax（電子申告）

インターネットで確定申告ができるシステムです。

• マイナンバーカードとICカードリーダー（またはスマホ）があれば、自宅から申告可能
• 24時間いつでも申告できる
• 税務署に行く必要がない
• 還付金の振込が早い（3週間程度）

小さな子どもがいる育休中の方には、特におすすめの方法です。

2. 書面での申告（税務署に持参または郵送）

確定申告書を紙に記入して、税務署に持参するか郵送する方法です。

• 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」でパソコンから入力して印刷できる
• 税務署で確定申告書の用紙をもらって手書きすることもできる

郵送の場合は、控えと返信用封筒（切手を貼る）を同封すれば、収受印を押した控えを返送してもらえます。

3. 税務署の相談会場で作成

確定申告期間中、税務署や特設会場で、職員や税理士に相談しながら申告書を作成できます。

• わからないことを直接聞ける
• 混雑するため、待ち時間が長いことがある
• 小さな子ども連れでは大変

e-Taxでの申告方法

e-Taxでの申告手順を簡単に説明します：

準備するもの：

• マイナンバーカード
• ICカードリーダーまたはマイナンバーカード読み取り対応のスマホ
• 源泉徴収票
• 各種控除証明書
• 還付金を受け取る銀行口座

手順：

1. 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
   パソコンまたはスマホで、国税庁のウェブサイトから「確定申告書等作成コーナー」を開きます。
2. 「作成開始」をクリック
   「e-Taxで提出」を選択します。
3. マイナンバーカードでログイン
   マイナンバーカードを読み取って、本人確認をします。
4. 基本情報を入力
   氏名、住所、マイナンバーなどを入力します。
5. 所得の入力
   源泉徴収票を見ながら、給与所得の金額を入力します。画面の指示に従って進めば、自動的に計算されます。
6. 所得控除の入力
   医療費控除、社会保険料控除、生命保険料控除など、該当する控除を入力します。
7. 税額の計算
   システムが自動的に税額を計算してくれます。還付額がある場合、その金額が表示されます。
8. 還付金の受取口座を入力
   銀行名、支店名、口座番号を入力します。
9. 送信
   内容を確認して、マイナンバーカードで電子署名をして送信します。
10. 受付完了**
    受付完了のメッセージが表示されたら、申告完了です。